こんにちは。藤森です。
ECサイトに限らず、リスティング広告を運用する際は短期的利益と長期的利益を両立させることを目指しましょう。また、CPAはあくまでも基準の１つにしか過ぎません。意識しすぎると、逆効果を生み出します。
短期的利益
当社のECサイト向けリスティング広告代行サービスでは、短期的には 広告経由利益（広告経由の売上×粗利率－広告費－当社の代行料）の最大化 を目指しています。そのためには、広告費を下げることも重要な作業です。
長期的利益
長期的には LTV を見ています。（他の商品もついでに買うことが多い）売れ筋商品・リピート率の高い商品は、CPAをあまり見ず、売上・客数重視の広告運営をします。Monet!でも、粗利500円のワックスを広告費700円かけて売ったりしていました。リピート率の高い商品で、2回目以降で利益が取れるからです（2回目は広告経由で訪問しない）。
EC企業やリスティング運営に限らず、利益を出せない企業ほど、長期的利益の話をする傾向がある気もします。短期的利益を出してこそということですね。